Ekologické (BIO) včelařství a certifikace medu jako BIO produktu se řídí v EU nařízením č. 2018/848 o ekologické produkci. Podmínky jsou přísné: včelnice musí být umístěna v dostatečné vzdálenosti od zdrojů znečištění (průmyslové zóny, dálnice, intenzivně chemicky ošetřované plochy), v okruhu 3 km musí převládat ekologicky obhospodařovaná nebo přirozená vegetace.
BIO včelaři nesmějí používat syntetické léčivé přípravky (pouze přírodní látky – kyselina šťavelová, mravenčí kyselina, thymol), nesmějí stříhat křídla matkám, musí používat přírodní materiály pro výstavbu úlů a nesmějí krmit syntetickým cukrem jinak než v nouzi a pouze do konce července. Veškeré vstupy musí být certifikovány jako BIO.
Kontrolu a certifikaci provádějí v Česku akreditované kontrolní organizace (KEZ o.p.s., ABCERT AG). Certifikace vyžaduje tříleté přechodné období. BIO med dosahuje na trhu výrazně vyšší ceny a je atraktivní pro spotřebitele preferující přírodní a udržitelné produkty. Certifikovaný BIO med musí být označen logem EU BIO a číslem kontrolního subjektu.