Plnění medu do prodejního balení je poslední fází zpracování před uvedením na trh. Med se plní do skleněných nebo plastových nádob v kapalném nebo zkrystalizovaném stavu. Každé balení musí být opatřeno etiketu s povinnými údaji stanovenými legislativou: název výrobku, hmotnost, datum minimální trvanlivosti, jméno a adresa výrobce, země původu a případně označení šarže.
Plnění probíhá buď ručně (malí výrobci) nebo pomocí plnicích automatů (větší provozovny). Před plněním může být med šetrně zahřát na 35–40 °C, aby byl dostatečně tekutý pro průtok plnícím ventilem – zahřívání nesmí přesáhnout 45 °C, aby se zachovala enzymatická aktivita. Zkrystalizovaný krémový med se plní za teploty okolí bez zahřívání.
Hygiena při plnění je zásadní: nádoby musí být čisté a suché, prostory splňovat potravinářské normy, pracovníci musí být zdravotně způsobilí. Záznamy o šaržích umožňují zpětnou dohledatelnost v případě reklamace nebo kontroly. Pro prodej na farmářských trzích nebo prostřednictvím e-shopu musí včelař splnit základní hygienické předpisy a registraci u příslušné krajské veterinární správy.