Správné skladování medu je klíčové pro zachování jeho kvality, chuti a zdravotních vlastností. Med by měl být uchováván v tmavém, suchém a chladném místě při teplotě 10–15 °C. Světlo urychluje rozklad aromatických látek a oxidaci, vlhkost může způsobit absorpci vody a následné kvašení, vysoké teploty ničí enzymy a zvyšují obsah HMF.
Nejlepším materiálem nádoby je sklo nebo potravinářská nerezová ocel. Plastové nádoby jsou přípustné, ale musí být z potravinářsky certifikovaného materiálu (označení PP nebo HDPE). Zinková, hliníková nebo pozinkovaná nádoba je nevhodná – med je kyselý (pH 3,5–4,5) a reaguje s kovy, čímž vznikají nežádoucí sloučeniny.
Trvanlivost správně uchovávaného medu je prakticky neomezená – archeologické nálezy ukazují, že med starý tisíce let byl stále jedlý. V praxi se minimální trvanlivost na etiketě uvádí zpravidla 2 roky od plnění, avšak med si při správném skladování zachovává kvalitu mnohem déle. Zkrystalizovaný med se v trvanlivosti neliší od tekutého – jde pouze o změnu fyzikálního stavu, nikoliv o znehodnocení.